Przepisy dotyczące minimalnego podatku dochodowego są skierowane do podatników CIT, podatkowych grup kapitałowych oraz oddziałów zagranicznych przedsiębiorców prowadzących działalność w Polsce. W założeniu podatek ten powinien objąć podmioty, które nie wykazują dochodu lub wykazują go na poziomie minimalnym bez uzasadnionej przyczyny. W praktyce nowa danina może dotyczyć większości spółek raportujących stratę.

Minimalny podatek dochodowy to podatek roczny, którego wysokość oblicza się po zakończeniu roku podatkowego. W konsekwencji, podobnie jak ulga badawczo-rozwojowa, jest on rozliczany w rocznym zeznaniu podatkowym. Podatnicy muszą w takim zeznaniu wykazać podstawę opodatkowania, uwzględniając wszelkie odliczenia oraz wysokość należnego podatku minimalnego.

Przepisy dotyczące podatku minimalnego umożliwiają zatem obniżenie podstawy opodatkowania o kwoty wynikające z ulg, w tym ulgi B+R. Dzięki temu podatnicy realizujący projekty badawczo-rozwojowe mogą obniżyć kwotę należnego minimalnego podatku dochodowego. 

Co istotne, przy obliczaniu podstawy opodatkowania podatkiem minimalnym można uwzględnić zarówno ulgę B+R za bieżący rok, jak i kwoty nierozliczone z wcześniejszych lat podatkowych. Jednak należy podkreślić, że kwota podstawy opodatkowania podatkiem minimalnym wyznacza górny limit odliczenia przysługującego podatnikowi z tytułu ulgi B+R z sześciu wcześniejszych lat podatkowych. 

W konsekwencji należy zauważyć, że ulga B+R stanowi narzędzie umożliwiające obniżenie minimalnego podatku dochodowego, a tym samym wpływa na poprawę sytuacji finansowej podatnika.